Elfen Lied empieza con Lucy, una diclonius (una especie de humano con cuernos en la cabeza y unos poderes sobrenaturales), que intenta escapar de una base subterránea en la que está custodiada por cientos de guardias militares.
Pero, sin cansarse, Lucy los va matando a todos, cortando cabezas, sacando corazones, partiéndolos por la mitad...
Resulta que los diclonius fueron creados para destruir a la humanidad con sus poderes. Éstos se basan en unas manos invisibles capaces de cortar cualquier cosa, a parte de que los vectores (las manos invisibles) de la protagonista Lucy, llegan a 2 metros de distancia.
Al final, cuando Lucy está a punto de escapar, le pegan un tiro en la cabeza por la espalda, y ésta cae al mar, perdiendo el conocimiento.
Kouta y Yuka, unos primos que se separaron hace unos años, ahora se reencuentran para ir a la misma universidad. Van a la playa a recordar los viejos tiempos y encuentran a Lucy sangrando y sin ropa en la orilla.
El balazo en la cabeza hizo que Lucy perdiera la memoria, con lo cual ahora apenas sabe hablar.
Deciden llamarla "Nyu", porque es lo único que sabe decir.
Luego, cuando Nyu vaya recuperando la memoria veréis su pasado ligado con Kouta...
